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罗联忠介绍，20世纪的海洋药物研发主要集中于海绵、珊瑚和海鞘等海洋动物，它们含有大量结构新颖、多样的化合物，活性突出，成药潜力高，但是存在“三难”问题，即资源捕获难、结构解析难、化合物合成难。为此，科研人员尝试人工养殖和化合物提取，但目前尚无法全面解决药源保障问题。“海洋动物中的许多活性物质，其实是由宿主和其共生微生物协同产生。”罗联忠介绍，海洋微生物的基因资源和化合物种类更加丰富，2000年开始，逐渐成为全球海洋药物资源发现的主力方向。
“药物研发历来是万里挑一、九死一生，海洋药物既有新药研发的共性特点，更有其研发独有的困境。”张栋华分析，“国内海洋生物医药的产业化率仅有5％，远低于国外平均30％的水平。”他认为，与其他药物相比，国内海洋药物产业化的特殊难点，在于积累少，还处于一个被观望甚至被忽视的阶段。绝大多数药企更关注药物的适应证和产品布局，很少单独投身早期的海洋药物开发中。例如，某药企以海兔毒素为核心成分研发的抗体偶联药物（ADC）上市后，主要围绕“ADC 药物” 技术品类宣传，并不会特意强调其海洋药物属性。
区域之间资源流通不畅，也是海洋药物研发的一大障碍。科研机构之间的资源共享仍然有限，这背后关键在于利益分配机制尚未理顺，缺乏完全公益性的数据和资源平台。“如果能建立类似美国国家生物技术信息中心、美国典型培养物保藏中心那样的国家级基因数据中心和微生物菌株资源中心，推动资源标准化管理与开放共享，将大大提升海洋药物研发效率。”陈阳生也提到，由于前期科研经费多来自地方，当国信制药推动山东省外的候选药物转化时，常常面临更大的行政和政策壁垒。
